İzolasyon trafosunun çalışma prensibi, manyetik indüksiyon üzerine dayanır. Birincil (giriş) ve ikincil (çıkış) olmak üzere iki sargıya sahip olan bu trafonun birincil sargısına uygulanan alternatif akım, manyetik alan oluşturur. Bu alan, demir çekirdeği içinde indüksiyon oluşturarak ikincil sargıda gerilim üretir. Bu süreç sayesinde, birincil ve ikincil devre arasında doğrudan elektriksel bağlantı olmadan enerji transferi gerçekleşir.
İzolasyon trafosu, yüksek voltajdan düşük voltaj sistemlere veya tersine enerji transferini güvenli bir şekilde yaparak izolasyon sağlar. Bu sistemler, genellikle riskleri azaltmak ve güvenli enerji iletimi sağlamak amacıyla kullanılır.